根据密教的传说，密教是由大日如来毗卢遮那佛，传金刚萨埵，住于金刚法界宫，成为第二祖。释迦世尊入灭后八百年，有龙猛菩萨出世，开南天铁塔，向金刚萨埵面受密法，成为第三祖；再传第四祖为龙智；再过数百年，龙智七百岁，传第五祖金刚智，那就是中国唐玄宗开元年间，来华的三位密宗高僧的第一位。所以密教不是释迦世尊所说，而是直接由法身佛所说；因为法身不说法，故称密教的传承为密法、根本心法或无上大法。密法由凡夫传承是不可能的事，因此而称密宗的传承者为金刚上师、大成就者。
但从佛教的历史看，密教的起源是印度的民间信仰，最后发展成密教或密乘，则属于印度晚期大乘的事。它以佛教大乘思想的理论为基础和根本，引进了印度教的观念和修法。
密法可分为杂密、事密、瑜伽密和无上瑜伽密。杂密类似民间信仰，事密已经有组织化，瑜伽密跟禅定相应，无上瑜伽是跟当时印度教的性力派结合而完成。所谓性力，即是以男女性的交媾，两性双身双修，成为方便和智慧的圆满集成。以女性代表智慧，以男性代表方便。这种思想和中国道家的房中术（又名御女术）是一样的，不是根本佛教的修行方法。
佛教以离欲为根本，无上瑜伽却要透过淫欲的事实以达解脱的目的。所以，后来西藏的黄教教祖宗喀巴，加以改革，予以废除，禁止以男女的性交行为做为修行的方法；但其他各派依旧采用，他们为了所谓合理化，必须先炼气、脉、明点，然后才能实施所谓双修的法门。
密教本身是以当时印度的时代背景和后来的西藏环境而形成的，我们不能说西藏的密教不是佛教，除了无上瑜伽的这部分，他们的教理和行法，组织严密，层次分明，特别是在教理方面，以中观为根本，以瑜伽为辅佐，这是中国佛教所未见的。他们对于僧侣的训练和教育，也极其严格而有系统化、层次化，所以有坚定的信心和一定的法门。但在蒙藏地区，称为活佛的，也未必一定有修证及学问。
密教的上师，就是法的传承者，是直接从金刚萨埵，或者是佛的法身，传承下来的，不能自称为上师，必须师师相承、口口相传，必须修完一定的坦特罗，而有传承者承认他已得了大成就，才可以成为上师。绝对不是鬼神附体、无师自通，不是仅懂得一些咒语，表现一些灵异，就能够自称为上师的。
问题也出于此，密教的源头，开始便是如此，这使得佛教无法保持门庭的清明，任何人均可能假藉佛菩萨的降示而自称为上师。不过在西藏，因其已有严密的制度，不易滥冒，所以，还是可行。而西藏以外的地区，藏密各派的领袖和组织的力量，已经无法达成监别、监定和监督的责任，以致密教风行之区，上师纷纷自立。
在西藏最早传承密宗的是在家人，比如莲花生大士，是红教的创始祖，传说中他是有妻子的，以后红教的喇嘛、上师也都是在家人，所以上师由在家人担任，是为西藏的特色。他们皈依四宝，也就是佛、法、僧之上，加上上师；三宝不重要，上师才是信仰的中心，他就是本尊、就是佛，而代表佛的报身，若不通过上师，便无从接受佛法，此虽有密教自己的理论，却为显教所不承认。它类似于神教的天使和上帝的代言人身分，与平等的佛法不相应。
上师也有女的，在西藏已是这样。但现在也有人说，男性的弟子，若想修无上瑜伽时，最好上师本身是女的，因此，就有称为上师的女性，藉口传法而跟男性弟子发生淫乱关系的情形。
上边已经说过，以男女性行为做为修持的法门，不是佛法，非清净法，对我们的社会而言，也是一种应该禁止的事。所以，自古道家修房中术，必有房外的护法，必须财力与势力兼具之人，才能做到；普通的道士，没有这个力量，否则淫风所至，绝非社会之福。虽然，他们修持者本身，不以此为淫乱，而是达到身心统一、内外统一、男女界限统一的目的，不是为了满足性的快乐和享受；但在中国，始终没有将之当作正大光明的一种修持方法。而所谓统一也只是暂时的统一，属于一种忘却小我自我中心的情况，并没有达到断除烦恼的程度，当然没有解脱，更没有成佛。
一般所谓即身成佛，在中国天台宗也讲到成佛有六种层次──理即佛、名字即佛、观行即佛、相似即佛、分证即佛，乃至于究竟佛。若说一般众生就是佛，是理即佛；学佛之后，已经知道自己是佛，是名字佛；开始修行，称为观行佛。因此，密教的即身成佛之说，也就不足为奇。若一修密法，略有觉受就能成为究竟佛，这在密教自己也不会承认；如果是的话，最多是观行佛。连宗喀巴、达赖喇嘛也不会承认自己是究竟佛。
对密教而言，气、脉、明点，极为重要，这是印度瑜伽术的共同要求，修定必须健康、强身，利用打坐或观想方法，达到气脉畅通，也是内外道的共同现象。所谓明点，和道家所说的还精补血、还精补脑有类似之处。精力充沛而能气定神闲、头脑灵敏、身心舒畅。显教的禅者，虽不蓄意去修炼这些道术，也会有类似的现象发生。
密教的修法，重于身体的所谓即身成佛，和道家的所谓羽化登仙和白日飞升，同样是以肉体的转变为修炼的目标。可是从佛教的根本观点而言，色身是五蕴假合而成的幻法，所以称为无常法，既是无常法，必须解脱；若执著无常法的身体为修行的终点，那仍在生死当中，而不出三界。所以，禅宗称修炼这些法门的人为守尸鬼；纵然传说中的龙智活到七百岁，正像中国道家传统中的陈搏活到八百岁，终究难免一死。所以，佛教不否定气、脉、明点的作用，也不肯定气、脉、明点的必要。
至于西藏喇嘛和南传上座部比丘，不拒肉食，甚至必须肉食，这是受他们社会环境和自然环境的影响而成，我们不必苛求。西藏喇嘛当然知道基于佛陀慈悲的教义，不应食众生肉，但是为了生存和适应环境的原因，因此，制造出了种种似是而非的理由和推卸责任的托词。例如宣称吃众生肉，便结众生缘，特别是被成就者所吃，即可转畜牲身为佛身和菩萨身，也就是畜牲的身体，成为修行者肉体营养的一种转变。同时又说，以咒愿力，咒愿被吃的众生，可使之离苦得乐。但事实上，修行者未必是大成就者，所有的修行者全体肉食而为所有被吃的众生超度，这实在是极大的问题。当然，以密教的立场，大成就者已经得大解脱，无所谓食肉与不食肉。
肉食者死后火化也有舍利子，此与肉食否无关，也与解脱否无关；凡是修定，或是凝心、摄心而达到修身目的的人，烧了会有舍利子。通常说，要修持戒、定、慧三学的人，才有舍利子；但是舍利子本身是人体分泌物的结晶和凝结，它有若干程度的神圣和神秘，为佛教徒所重视，但未必是佛教徒的大事，解脱生死才是根本大事，因为这还是属于界内色身的变现，终究不出于无常的范围。
所以，在佛灭火化之后，大迦叶尊者，号召五百大阿罗汉，共同结集佛的法身舍利──诸部经律，而置佛的在家凡夫弟子们去争抢佛的肉身舍利之事于不顾。可见肉身而得舍利，自始受到凡夫的重视，而为圣者所忽视。